Этимологический словарь Крылова
Существительное подлинник (к этой же основе восходят слова длина, длинный) раньше называло длинную палку, которой били на допросах, а полученные таким образом показания назывались подлинными, то есть полученными с помощью палки, подлинника. Постепенно значение переосмыслялось в "истинный". Близкое по смыслу слово – подноготная.