Этимологический словарь Крылова
Это слово в значении "часть тела, организма" было заимствовано из греческого через посредство латинского, где находим organon – "инструмент". Отметим также, что название музыкального инструмента – орган – тоже восходит к греческому первоисточнику – organon.