Этимологический словарь Крылова
заутреня
Образовано на базе словосочетания заутрьня служьба – "ранняя церковная служба ". Заутрьня является кратким прилагательным от существительного заутра, имеющего значение "рано утром". От той же основы образовано и завтра.