Этимологический словарь Крылова
закавыка
Образовано посредством приставки от существительного ковыка ("запинка, запятая"), восходящего к вышедшему из употребления слову кова, имеющему значение "оковы", связанному с глаголом ковати. Родственные слова: кавычка, оковы.