Этимологический словарь Макса Фасмера
Томск
Род. п. -а. Производное от Томь – название реки, последнее – из алт., тел. Тоm – то же, Tomtura "Томск", где turа означает "дом, жилище, строение" (Радлов 3, 1446). Это название связано, далее, с энецк. tо "озеро", селькуп. tu, tо "озеро, река Томь", tūjekuače "Томск", родственно венг. tó, tava "озеро", вероятно, также селькуп. tāma, tême, tīm "сток, рукав (реки)"; см. Сетэлэ, Castrén-Festschr. 38 и сл.; FUFAnz. 12, 18. Происхождение из коми отрицает Калима (FUF 18, 54).