Этимологический словарь Крылова
скостить
Этот глагол, имеющий значение "скинуть со счета, убавить", является профессионализмом – он введен в оборот в XIX в. счетоводами, производившими арифметические подсчеты на счетах. Образован этот глагол от кость – "костяшка на счетах". Исходное значение – "сбросить какое-либо количество костяшек".