Этимологический словарь Макса Фасмера
шишка
I ши́шка
I, укр. ши́шка "шишка, набалдашник", др.-русск. шишька "еловая шишка, шар", сербск.-цслав. шишька "шишка, клубень", болг. ши́шка – то же, сербохорв. ши̏шка "чернильный орешек", словен. šȋškа "шишка, лодыжка, петля", чеш. šiškа "шишка, кнедлик (вид булочки)", слвц. šiškа "еловая шишка", польск. szysza – то же, в.-луж. šiškа – то же, н.-луж. šуškа "еловая шишка, головка льна". Любопытно ши́шка "человек, идущий во главе бурлаков". На основе этого последнего знач. могло оказаться возможным сближение с шиш I и шиш II (см.). Значения слова šišьka делают невероятным заимствованное происхождение; см. также Брюкнер 562.
II ши́шка
II "жеребенок", ряз. (Даль), ср. выше – ши́нька – то же.