Этимологический словарь Крылова
Это заимствование из французского восходит к латинскому cifra – "цифра", которое средневековая латынь в свою очередь позаимствовала из языка арабов, называвших словом sifr пустоту, "ноль". Родство цифры и шифра неудивительно, ведь шифр может представлять собой набор цифр.