Этимологический словарь Макса Фасмера
Сестра
Распространенное речное название: в бассейне Десны, [бывш.] Черниг. губ.; приток Волги, в [бывш.] Тверск. губ.; приток Ламы, в [бывш.] Волоколамск. у.; приток Волхова, в [бывш.] Новоладожск. у. и Петерб. губ.; река к сев.-зап. от Ленинграда, впадающая в Фин. залив; приток Б. Иргиза, в [бывш.] Самарск. губ. Этимологически тождественно слову сестра́, первонач. "сестра по отношению к главной реке". Ср. также названия рек Брат, Сестреница и др. Не родственно др.-инд. sasra-, sasri- "бегущий", sárati "течет", вопреки Розвадовскому (RS 6, 48). Название реки Сестра́, к сев. от Ленинграда, Кипарский (ВЯ, 1956, No5, стр. 137) пытается объяснить из фин. Siestarjoki, буквально "Смородинка", но я не могу установить, действительно ли существовал этот фин. гидроним или это лишь теоретическая реконструкция. Мне кажется многозначительным тот факт, что на территории фин. языка нет ни одного названия реки или озера, образованного от siestar, siehtar и т. п. Я не знаю также местн. н. с этим элементом.
••
[Якобсон (IJSLP, 1/2. 1959, стр. 270) поддерживает точку зрения Кипарского о происхождении из фин. Siestarjoki: siestar "смородина"; ср. ударение гидронима Се́стра – приток реки Москвы, а также русск. названия вроде Смородина. – Т.]