Этимологический словарь Крылова
Древнерусское слово, образованное суффиксальным способом от прилагательного опошьлъ, имевшего значение "исконный", восходящего к шел – мужскому роду прошедшего времени от глагола идти. Первоначально пошлина значила – "старинный обычай", со временем произошел сдвиг значения – "налог".