Этимологический словарь Крылова
Это субстантивированное (ставшее существительным) прилагательное пошло от выражения подноготная тайна, а выражению этому дал название особый род пытки, применявшийся для выведывания истины у подозреваемого, которому загоняли острые предметы под ногти. Близкое по смыслу слово – подлинный.