Этимологический словарь Крылова
Это слово попало во многие европейские языки из латыни, где слово musculus означало "мышца", "мускул", "мышонок". Вероятно, в те времена, когда сокращение мышц воспринималось невежественным, хотя и довольно проницательным и острым взглядом, как возня мышей под кожей, произошел переход значений мышца – мышь (то же произошло и с общеславянским словом мышь).