Этимологический словарь Крылова
Это общеславянское слово, называющее измельченные зерна, образовано от той же основы, что и слово мягкий, восходящее к индоевропейской основе (в древнеиндийском находим macate – "дробит"). Мука буквально означает "измельченная, мягкая".