У хвойных наблюдается относительно небольшое разнообразие хромосомных чисел, а некоторые семейства характеризуются исключительным его постоянством. Наибольшим постоянством отличаются семейства араукариевых, где основное число хромосом (обозначаемое в цитологии символом х) равняется 13, и семейство кипарисовых, где оно равно 11. Несколько большим разнообразием характеризуются семейства сосновых, таксодиевых и тиссовых. У подавляющего большинства сосновых х = 12, но у псевдотсуги х = 13, а у лжелиственницы х = 22. У всех таксодиевых, за исключением сциадопитиса, и секвойи (Sequoia) х = 11 (у сциадопитиса х = 10, а у секвойи х = 33). Наконец, у большинства тиссовых, так же как у близкого семейства головчатотиссовых, х = 12, но у торреи х = 11, а у аментотаксуса х = 7. Наибольшим разнообразием хромосомных чисел среди хвойных отличается семейство подокарповых, где х = 9—13, 15, 17—19, что говорит об очень значительной таксономической дифференциации этого семейства, подтверждаемой также данными их внешней морфологии, анатомии проводящей системы и строением оболочки пыльцевых зерен.
Предполагают, что исходное основное число хромосом у хвойных 12, т. е. такое же, как у гинкго и некоторых саговниковых. Если это предположение правильно, то хромосомный набор араукариевых (х = 11) мог произойти в результате утери одной хромосомы.